Владыки не стало 8 августа 2020 года после тяжелой непродолжительной болезни. Председатель Высшего общецерковного суда Русской Православной Церкви ушел из жизни в возрасте 79 лет.
По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла отпевание новопреставленного владыки возглавит управляющий делами Московской Патриархии, первый викарий Патриарха Московского и всея Руси по Москве митрополит Воскресенский Дионисий.
Как сообщает пресс-служба Кубанской митрополии, чин отпевания будет совершён 10 августа в Екатерининском кафедральном соборе после Божественной литургии. Начало Литургии в 8.00.
Губернатор Кубани выразил соболезнования в связи с кончиной митрополита Исидора.
В администрации Краснодара и городской Думе выразили соболезнования в связи со смертью владыки Исидора.